העלילה מתרחשת בהיסטוריה בדיונית של אירועים בעולם האמיתי, המתרחשת בעיקר במהלך מסע הצלב השלישי בארץ הקודש בשנת 1191.

דמות השחקן היא אדם מודרני בשם דזמונד מיילס, שבאמצעות מכונה בשם "אנימוס" , משחזר את הזיכרונות הגנטיים של אביו הקדוש,

אלטאייר אבן-להעד. באמצעות מכשיר עלילתי זה מתגלים פרטים אודות מאבק בן מאות שנים בין שני פלגים: אחוות המתנקשים,

הנאבקים למען שלום מתוך רצון חופשי, והאבירים הטמפלרים, החפצים שלום באמצעות שליטה.

שני הפלגים מחפשים חפץ בשם "תפוח עדן", שניתן להשתמש בו כדי לשלוט במוחות, כשהמתנקשים

רוצים להרוס אותו לפני שניתן יהיה להשתמש בו לרשע. חלקו של המשחק מהמאה ה -12

עוקב אחר אלטאייר, חבר בכיר במתנקשים, שאחרי ששבר את עקרונות האחים במהלך משימה שהושחתה,

עליו לרצוח קבוצה נבחרת של מטרות כדי להחזיר את כבודו האבוד.