המשחק של Snake Eater דומה לזה של המשחקים הקודמים בסדרת Metal Gear Solid . 

נחש, הנשלט על ידי השחקן, חייב לנוע ללא זיהוי דרך סביבה עוינת ומלאת אויב.

 למרות שנחש רוכש כלי נשק שונים (החל מאקדחים ועד רימונים מונעים רקטות ),

הדגש הוא על שימוש בחמקנות כדי להימנע מעימותים. 

ניתן למצוא חפצים וגאדג'טים רבים לאורך הדרך כדי לסייע בכך, כולל גלאי תנועה 

למעקב אחר חיילים עוינים, וקופסת הקרטון המסחרית של סדרת Metal Gear , שסנייק יכול להסתתר תחתיה כדי למנוע זיהוי ויזואלי.