בשנת 2080, 5 שנים לאחר אירועי Red Faction ,

 הננוטכנולוגיה שפיתחה אקסל קאפק,

המדען הראשי של תאגיד Ultor לפני נפילתה, נתבעה על ידי כוח ההגנה על כדור הארץ (EDF). 

עם טכנולוגיה זו, ה-EDF מתחיל בארגון מחדש של תאגיד Ultor

עם התמקדות מיוחדת בחיילי-על משופרים ונשק מתאים.

 עם זאת, המחקר שנעשה על ידי קאפק במעבדות שלו נגנב

כתוצאה מכך על ידי לוחמים אחרים קבוצות וארגוני טרור שונים. 

זה נמשך שנים; המחקר החליף ידיים בעולם התחתון

הפלילי פעמים רבות. השחקן מוצג לתפקידו כמומחה לחומרי

נפץ (שם הקוד "כינוי") כשהוא יוצא למשימת מבצעים

מיוחדת לתבוע את נתוני המחקר עבור הרפובליקה של חבר העמים.